首先，在兩個公司的掛靠往來過程中，需要建立賬戶、明確賬戶的收支賬目，以及確定賬戶余額等，以便對兩者進行資金流轉。進行財務會計處理時，應當按照一般收付款原則，以及賬戶處理原則，確定掛靠帳戶的收支，并建立收支帳戶收支明細表，并結轉賬戶余額。

比如：公司A掛靠給公司B的賬戶，首先公司A支付給公司B的帳戶，公司B于此賬戶上支付給公司A的帳戶，此時雙方應當將收支明細表和賬戶余額匯總起來，分別列出雙方的賬戶總金額，以便于計算收支帳戶的余額和平衡。

在所有收支賬目清楚明確之后，按照兩個公司掛靠往來的協議進行最終核算時，雙方應當根據收支明細表，統計公司A與公司B對應的收支數量，并將其在銀行或資金中的相應數量定義為同一標準，以便最后進行結算和結轉，最后將雙方的賬戶余額進行核算，以便確定最終的賬戶余額。

拓展知識：

賬戶處理原則是根據實際情況歸類，對對賬戶收支情況進行符合實際的分類和核算，并確定有效的收支原則，以保證有效處理收支賬目。有效處理收支賬目，有效防止賬戶資金不明科目的發生，保證賬戶收支的準確和及時性，以及賬戶的賬務的準確全面。