1、收入核算：

企業(yè)與科研單位的財(cái)務(wù)目標(biāo)是不同的。企業(yè)是以經(jīng)濟(jì)效益為主，科研單位則是以科研成果為主；企業(yè)能在很短的時(shí)間內(nèi)實(shí)現(xiàn)經(jīng)濟(jì)效益，而科研院所則不能。投放于科研院所的經(jīng)費(fèi)，要在很長(zhǎng)一段時(shí)間之后才能見效，能立即見效的非常少。科研院所進(jìn)行科學(xué)研究，在產(chǎn)生社會(huì)效益的同時(shí)，也無法忽略經(jīng)濟(jì)效益，只不過兩種效益的產(chǎn)生都需要很長(zhǎng)一段時(shí)間。

長(zhǎng)期以來，由于科研院所的公益性質(zhì)，其創(chuàng)收壓力小，國(guó)家監(jiān)管力度也相對(duì)較小，導(dǎo)致科研院所的收入管理中存在條款不清晰，資金短缺或利用率不高，創(chuàng)收的意識(shí)不夠等問題。在事業(yè)單位體制改革的不斷深化中，必然要求科研院所等事業(yè)單位加強(qiáng)對(duì)于經(jīng)濟(jì)收入的核算，以緩解自身的資金壓力，為國(guó)家財(cái)政減輕負(fù)擔(dān)。

2、應(yīng)收應(yīng)付款核算：

現(xiàn)在許多科研單位某些收入類款項(xiàng)，未作收入入帳，將其列入應(yīng)付款核算；其他應(yīng)付款是應(yīng)付其他單位或本單位職工發(fā)生的待結(jié)算款項(xiàng)，許多單位經(jīng)常有意無意地將其他應(yīng)付款科目當(dāng)作一個(gè)人為調(diào)節(jié)收支的科目，利用應(yīng)付款項(xiàng)隱瞞、轉(zhuǎn)移收入，逃避財(cái)政、稅務(wù)監(jiān)管。

應(yīng)收款是單位的一項(xiàng)流動(dòng)資產(chǎn)，即有它作為資產(chǎn)的現(xiàn)實(shí)意義。當(dāng)職工將款項(xiàng)從單位借出，到支付給提供商品和服務(wù)方前，它是以現(xiàn)金形式存在的，符合資產(chǎn)這一定義，可一旦支付給提供商品和服務(wù)方，它即失去了資產(chǎn)的性質(zhì)，變?yōu)閱挝坏囊豁?xiàng)費(fèi)用支出。因此，當(dāng)應(yīng)收款項(xiàng)變成費(fèi)用支出后，就應(yīng)及時(shí)報(bào)賬沖減應(yīng)收款項(xiàng)，減少單位資產(chǎn)，增加費(fèi)用支出。這樣才符合及時(shí)性的會(huì)計(jì)核算原則。但有不少單位的借款人履行公務(wù)活動(dòng)后，不及時(shí)報(bào)賬沖減應(yīng)收款，致使虛列資產(chǎn)，少記支出，使當(dāng)期的會(huì)計(jì)報(bào)表不能如實(shí)反映單位的真實(shí)財(cái)務(wù)狀況，另外一些單位應(yīng)收款金額巨大，且掛賬時(shí)間長(zhǎng)，有的甚至長(zhǎng)達(dá)幾十年，變?yōu)榇糍~死賬，已經(jīng)失去了資產(chǎn)的意義，成為壞賬了。

3、支出科目核算：

目前科學(xué)事業(yè)單位科研成本支出科目的核算都是按財(cái)政部門統(tǒng)一規(guī)定和中央預(yù)算單位支出經(jīng)濟(jì)分類科目來設(shè)置的，而國(guó)家的各類科研項(xiàng)目的預(yù)算科目沒有嚴(yán)格、統(tǒng)一的規(guī)定，且與核算科目不一致，在經(jīng)費(fèi)預(yù)算與核算歸類上存在一定的差距，國(guó)家科研項(xiàng)目實(shí)行課題預(yù)算管理，包括預(yù)算編制、預(yù)算執(zhí)行、財(cái)務(wù)決算、審計(jì)驗(yàn)收等四個(gè)主要環(huán)節(jié)。在預(yù)算編制環(huán)節(jié)．科研人員采用預(yù)算科目體系；在預(yù)算執(zhí)行環(huán)節(jié)． 財(cái)務(wù)人員使用財(cái)政部門制定的會(huì)計(jì)核算科目體系；在財(cái)務(wù)決算環(huán)節(jié)，財(cái)務(wù)和科研人員協(xié)同從核算科目體系重新分類到預(yù)算科目體系；在審計(jì)環(huán)節(jié)，審計(jì)人員則困惑地在預(yù)算科目體系和核算科目體系之間反復(fù)切換。

另外，央預(yù)算單位支出經(jīng)濟(jì)分類科目的設(shè)置也不夠明細(xì)，給平時(shí)核算帶來一定的難度，很多實(shí)際發(fā)生的費(fèi)用無法歸類到一級(jí)科目的任何一個(gè)科目中，只能放在其他里，而在決算的填報(bào)中反復(fù)進(jìn)行調(diào)整，這樣就對(duì)決算數(shù)據(jù)的真實(shí)性產(chǎn)生了一定影響。

4、固定資產(chǎn)核算：

科研院所進(jìn)行科學(xué)研究，固定資產(chǎn)是物質(zhì)保證?？蒲性核墓潭ㄙY產(chǎn)來源基本靠國(guó)家撥款以及專門的科研管理經(jīng)費(fèi)，主要的物質(zhì)表現(xiàn)就是科研設(shè)備。