農產品加計扣除1%的計算：納稅人購進用于生產或委托加工13%稅率貨物的農產品，按照10%的扣除率計算進項稅額，即對農產品深加工給予1%的加計扣除。可以抵扣的進項稅額=原材料成本×1%。如果是以購進農產品為原料生產銷售液體乳及乳制品、酒及酒精、植物油的一般納稅人，納入農產品增值稅進項稅額核定扣除試點范圍。購進農產品為原料生產特定貨物共有三種核定方法：投入產出法、成本法、參照法計算核定扣除。

當期允許抵扣農產品增值稅進項稅額:

（1）投入產出法=當期農產品耗用數量*農產品平均購買單價*扣除率/（1+扣除率）；

（2）成本法=當期主營業務成本*農產品耗用率*扣除率/（1+扣除率）；

（3）參照法：對新辦的試點納稅人或者試點納稅人新增產品的，試點納稅人可參照所屬行業或者生產結構相近的其他試點納稅人確定農產品單耗數量或者農產品耗用率。次年，試點納稅人向主管稅務機關申請核定當期的農產品單耗數量或者農產品耗用率，并據此計算去確定當年允許抵扣的農產品增值稅進項稅額，同時對上一年增值稅進項稅額進行調整。核定的進項稅額超過實際抵扣增值稅進項稅額的，其差額部分可以結轉下期繼續抵扣；核定的進項稅額低于實際抵扣增值稅進項稅額的，其差額部分應按現行增值稅的有關規定將進項稅額做轉出處理。