由于房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)企業(yè)所開(kāi)發(fā)項(xiàng)目跨度時(shí)間長(zhǎng)，企業(yè)取得土地使用權(quán)原因特殊，有些企業(yè)對(duì)開(kāi)發(fā)項(xiàng)目的土地成本資料重視不夠，造成后期清算時(shí)由于無(wú)法提供或無(wú)法齊全提供資料等原因而發(fā)生諸多的涉稅風(fēng)險(xiǎn)。

土地成本是計(jì)算土地增值稅的一項(xiàng)重要內(nèi)容，是決定開(kāi)發(fā)項(xiàng)目稅負(fù)的主要因素。在土地增值稅清算審核時(shí)，稅務(wù)機(jī)關(guān)主要審核房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)企業(yè)取得土地使用權(quán)所支付金額的真實(shí)性、合理性以及取得票據(jù)的合規(guī)性。審核判斷的原則主要是看取得的土地是否屬于本清算項(xiàng)目、是否應(yīng)當(dāng)取得而未取得合法有效憑證、款項(xiàng)支付是否真實(shí)發(fā)生等。

例如：A工業(yè)企業(yè)2007年接受B企業(yè)以10畝工業(yè)性質(zhì)土地使用權(quán)投資，雙方確認(rèn)的投資價(jià)值為1500萬(wàn)元。2010年B企業(yè)通過(guò)股權(quán)轉(zhuǎn)讓方式將所持該企業(yè)的全部股權(quán)轉(zhuǎn)讓給A企業(yè)。2012年，A企業(yè)將這10畝工業(yè)性質(zhì)用地變性為商品房開(kāi)發(fā)用地并向國(guó)土部門(mén)補(bǔ)繳土地出讓金800萬(wàn)元。2013年，A企業(yè)開(kāi)發(fā)建造一普通標(biāo)準(zhǔn)住宅樓盤(pán)，2015年3月達(dá)到可清算條件并經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)通知清算。8月A企業(yè)向稅務(wù)機(jī)關(guān)提交了清算報(bào)告及相關(guān)資料，確認(rèn)的土地成本為2340萬(wàn)元，清算項(xiàng)目的增值率為18.7%，因符合當(dāng)?shù)匾?guī)定的普通住宅標(biāo)準(zhǔn)而申請(qǐng)免征土地增值稅。

主管稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)A企業(yè)提供的土地成本合法有效憑證進(jìn)行審核，確定清算項(xiàng)目的土地成本應(yīng)為840萬(wàn)元（含契稅），B企業(yè)取得土地使用權(quán)時(shí)的成本因無(wú)合法有效憑證不能扣除，項(xiàng)目增值率為22.3%。因此，該項(xiàng)目不符合普通住宅的免稅條件，應(yīng)當(dāng)補(bǔ)繳土地增值稅1300多萬(wàn)元。

企業(yè)針對(duì)審核結(jié)果提出異議，認(rèn)為該土地是通過(guò)投資取得且投資成本1500萬(wàn)元是經(jīng)過(guò)雙方確認(rèn)的，有投資合同作為憑證，應(yīng)算本企業(yè)當(dāng)時(shí)取得土地使用權(quán)的成本，如果現(xiàn)在清算按投資企業(yè)的歷史成本計(jì)算，原投資企業(yè)早已注銷(xiāo)，現(xiàn)在根本無(wú)法再取得。

A企業(yè)的意見(jiàn)無(wú)法得到稅務(wù)機(jī)關(guān)的認(rèn)可。

那么，在土地增值稅清算管理中，涉及的土地成本怎樣確認(rèn)？開(kāi)發(fā)企業(yè)應(yīng)提供哪些合法有效憑證？企業(yè)清算前期怎樣完整收集呢？根據(jù)日常清算管理經(jīng)驗(yàn)來(lái)看，應(yīng)當(dāng)按照取得土地使用權(quán)的不同情況來(lái)處理：

通過(guò)招、拍、掛方式取得土地

出讓方為政府授權(quán)的國(guó)土資源管理部門(mén)，由國(guó)土資源管理部門(mén)與開(kāi)發(fā)企業(yè)簽訂土地出讓合同或協(xié)議，收取土地使用權(quán)出讓金、開(kāi)具規(guī)定的收款收據(jù)，其房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)企業(yè)的土地成本資料清楚明確，收集簡(jiǎn)便，稅務(wù)機(jī)關(guān)在清算審核時(shí)，開(kāi)發(fā)企業(yè)需提供土地使用權(quán)出讓合同或協(xié)議、土地使用權(quán)證復(fù)印件、國(guó)土資源管理部門(mén)開(kāi)具的收款收據(jù)、契稅完稅票據(jù)、款項(xiàng)支付憑證即可確認(rèn)土地成本。

非房地產(chǎn)企業(yè)重組方式取得土地

這種方式包括企業(yè)整體改制、合并、分立、投資等。根據(jù)《財(cái)政部、國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)改制重組有關(guān)土地增值稅政策的通知》（財(cái)稅〔2015〕5號(hào)）規(guī)定，企業(yè)改制重組后再轉(zhuǎn)讓國(guó)有土地使用權(quán)并申報(bào)繳納土地增值稅時(shí)，明確了應(yīng)以“改制前”取得該宗國(guó)有土地使用權(quán)所支付的地價(jià)款和按國(guó)家統(tǒng)一規(guī)定繳納的有關(guān)費(fèi)用，作為該企業(yè)“取得土地使用權(quán)所支付的金額”扣除。

由于非房地產(chǎn)企業(yè)重組涉及房地產(chǎn)的轉(zhuǎn)移，在營(yíng)改增前規(guī)定不征營(yíng)業(yè)稅和暫不征收土地增值稅。同時(shí)，在重組、投資時(shí)，企業(yè)都會(huì)涉及資產(chǎn)價(jià)值的評(píng)估和賬記歷史價(jià)值的改變，在上例業(yè)務(wù)中，由于房地產(chǎn)賬記歷史價(jià)值的改變涉及后期土地增值稅的計(jì)算，如果在扣除上沒(méi)有發(fā)票等合法有效憑證作支撐，那么企業(yè)開(kāi)發(fā)后或直接轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)，在進(jìn)行土地增值稅清算時(shí)，重組雙方的合同或協(xié)議、評(píng)估報(bào)告等均不能作為土地增值稅扣除項(xiàng)目的合法有效依據(jù)。因此，按照財(cái)稅〔2015〕5號(hào)文件的征管要求，企業(yè)應(yīng)在重組時(shí)，不管后期的經(jīng)營(yíng)方式、經(jīng)營(yíng)戰(zhàn)略怎樣，一定要齊全收集并妥善保存原土地使用權(quán)取得方的歷史資料，即原土地使用權(quán)取得方的土地使用權(quán)證、國(guó)土資源部門(mén)的收款收據(jù)、契稅完稅票據(jù)、款項(xiàng)支付憑證復(fù)印件，并加蓋原土地使用權(quán)人印章，便于后期清算時(shí)作為合法有效的扣除憑證提供。否則，土地成本難以得到稅務(wù)機(jī)關(guān)的扣除認(rèn)可。

以評(píng)估價(jià)值作為“取得土地使用權(quán)所支付金額”扣除的例外情形。根據(jù)財(cái)稅〔2015〕5號(hào)文件規(guī)定，企業(yè)在重組改制過(guò)程中經(jīng)省級(jí)以上國(guó)土管理部門(mén)批準(zhǔn)，國(guó)家以國(guó)有土地使用權(quán)作價(jià)出資入股的，再轉(zhuǎn)讓該宗國(guó)有土地使用權(quán)并申報(bào)繳納土地增值稅時(shí)，應(yīng)以該宗土地作價(jià)入股時(shí)省級(jí)以上國(guó)土管理部門(mén)批準(zhǔn)的評(píng)估價(jià)格，作為該企業(yè)“取得土地使用權(quán)所支付的金額”扣除。辦理納稅申報(bào)時(shí)，企業(yè)應(yīng)提供該宗土地作價(jià)入股時(shí)省級(jí)以上國(guó)土管理部門(mén)的批準(zhǔn)文件和批準(zhǔn)的評(píng)估價(jià)格，不能提供的不得扣除。

房地產(chǎn)企業(yè)之間重組方式取得土地

根據(jù)財(cái)稅〔2015〕5號(hào)文件規(guī)定，房地產(chǎn)企業(yè)在實(shí)施整體改制、合并、分立、投資方式時(shí)，其土地使用權(quán)、房產(chǎn)的轉(zhuǎn)移暫不征土地增值稅。但對(duì)其發(fā)生的資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓行為是否應(yīng)取得或開(kāi)具發(fā)票，各地稅務(wù)機(jī)關(guān)都有不同的掌握處理辦法。因此，房地產(chǎn)企業(yè)因重組而接受土地使用權(quán)時(shí)，要加強(qiáng)與當(dāng)?shù)刂鞴芏悇?wù)機(jī)關(guān)的聯(lián)系與咨詢(xún)，凡要求必須取得發(fā)票的，一定要按規(guī)定取得發(fā)票；對(duì)不需要取得發(fā)票的，要完整收集好相關(guān)重組合同協(xié)議，原土地使用權(quán)證、原土地使用權(quán)人的土地增值稅納稅申報(bào)表和稅收繳款書(shū)復(fù)印件并加蓋印章，作為后期土地增值稅清算時(shí)的合法有效扣除證明憑證。

原自有土地變性用于房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)

一些老企業(yè)，取得國(guó)家劃撥用地或取得工、商業(yè)性質(zhì)用地從事生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)多年后，因城市規(guī)劃調(diào)整或企業(yè)經(jīng)營(yíng)轉(zhuǎn)向，通過(guò)補(bǔ)繳土地出讓金后，將原自用經(jīng)營(yíng)性用地變性為商品房開(kāi)發(fā)用地自行開(kāi)發(fā)，一定要齊全收集好原土地使用權(quán)取得時(shí)所支付款項(xiàng)的原始憑證和后期變性所補(bǔ)繳的土地出讓金、契稅憑證、相關(guān)土地合同協(xié)議，便于后期清算時(shí)作為合法有效扣除憑證提供。