從目前的形勢看，事業(yè)單位財務(wù)制度整體上不健全，執(zhí)行《事業(yè)單位會計準(zhǔn)則》難度較大，整體上來講，事業(yè)單位財務(wù)存在以下五個問題：

一、預(yù)算有待進(jìn)一步加強(qiáng)

主要表現(xiàn)在預(yù)算編制、執(zhí)行以及考核三個方面：

預(yù)算編制方面，對預(yù)算編制重要性認(rèn)識不足，簡單地采用增量預(yù)算法編制預(yù)算不準(zhǔn)確，部分部門未將應(yīng)納入單位預(yù)算管理的預(yù)算外資金統(tǒng)一納入單位預(yù)算，隱瞞、截留財政資金和其他收入，私設(shè)小金庫。預(yù)算支出隨意性也大，超發(fā)津貼、獎金，超支業(yè)務(wù)費(fèi)的現(xiàn)象普遍，審批制度不嚴(yán)格，“專款不專用”的現(xiàn)象經(jīng)常發(fā)生。財務(wù)部門的考核也只停留在表面，存在一定的隨意性和盲目性。

二、缺少有力的上級支持

一些事業(yè)單位領(lǐng)導(dǎo)缺乏財務(wù)管理意識，不重視財務(wù)管理工作，不了解財務(wù)管理的政策法規(guī)。財務(wù)管理應(yīng)有的輔助決策和監(jiān)督控制功能沒有得到發(fā)揮。

另外，很多事業(yè)單位側(cè)重于經(jīng)費(fèi)支出審批程序等會計基礎(chǔ)工作，忽視了預(yù)算管理、資產(chǎn)管理、財務(wù)分析等職能，財務(wù)管理過于簡單。缺乏科學(xué)的理財和成本意識，不注重資金的使用效益，管理體制不健全。

三、銀行賬戶開立混亂，票據(jù)管理不規(guī)范

近年來，事業(yè)單位多頭開戶的現(xiàn)象越來越嚴(yán)重，造成資金分散，不易管理，給審計稽核和財務(wù)監(jiān)督工作帶來困難。另一方面，事業(yè)單位的票據(jù)管理存在許多違紀(jì)問題。比如領(lǐng)購手續(xù)不健全，核銷上存在監(jiān)督漏洞；票據(jù)存根與入賬金額不符等。

貨幣資金管理有漏洞，部分事業(yè)單位變相隱瞞截留收入，賬外資產(chǎn)問題嚴(yán)重；相關(guān)職務(wù)沒有分離；現(xiàn)金管理問題很多；通過往來賬戶對真實(shí)收入掩蓋，從而偷逃稅；資金使用缺乏計劃性，費(fèi)用開支不透明，導(dǎo)致事業(yè)單位經(jīng)費(fèi)緊缺。

四、資產(chǎn)管理混亂、賬實(shí)不符

財產(chǎn)清查制度不健全、管理權(quán)責(zé)不清，尤其體現(xiàn)在固定資產(chǎn)上。有的單位長期以來未對固定資產(chǎn)進(jìn)行盤點(diǎn)和清理，資產(chǎn)使用效率低，流失嚴(yán)重；監(jiān)督機(jī)制不健全；固定資產(chǎn)出租管理不到位且混亂，取得的收益不上繳財政專戶。事業(yè)單位缺乏制度化和程序化管理，導(dǎo)致腐敗發(fā)生，虛增資產(chǎn)價值。

五、整體會計人員素質(zhì)較低

會計人員專業(yè)素質(zhì)參差不齊，有相當(dāng)一部分未經(jīng)過系統(tǒng)的財會知識培訓(xùn)，理財觀念陳舊，知識欠缺，方法落后。另外，事業(yè)單位會計基礎(chǔ)工作較薄弱。如原始憑證各項(xiàng)內(nèi)容不全、以假充真，收付款憑證概念不清、審核不嚴(yán)；財務(wù)報告內(nèi)容不全、根據(jù)單位領(lǐng)導(dǎo)的授意進(jìn)行“編報”、普遍沒有報表分析說明等。