根據營改增稅改革辦法規定，增值稅一般納稅人，可以采用進項稅額減免制度，其計算公式為：當月應繳稅額=當月銷售額×（17%—進項稅額稅率）。 
 
假設公司發生的進項稅額稅率均為16%，那么該運輸企業當月應繳納增值稅為2.38萬元，具體計算方式如下： 
 
貨物運輸服務：20萬元 × (17% - 16%)= 20萬元 × 1% = 2萬元 
 
供裝卸搬運服務：5萬元 × (17% - 16%)= 5萬元 × 1% = 5千元 
 
出租倉庫一棟：2萬元 × (17% - 16%)= 2萬元 × 1% = 200元 
 
總計：2.38萬元